Vývoj projektu v roce 2014

14.01.2015

V roce 2014 pokračoval odběr a analýzy biologických vzorků z volně žijících vybraných druhů živočichů především v zájmových oblastech, ale také v dalších lokalitách souvisejících s řešenou problematikou projektu.

Izolací DNA odebraných vzorků za použití standardních postupů, popř. postupů modifikovaných a následnou mikrosatelitní analýzou je získána genetická identifikace jedince, na jejímž základě lze dále provádět výpočty genetických ukazatelů, ověřovat rodičovství a příbuzenské vztahy.

Pro vyhodnocení dopadu migračních bariér na genetickou variabilitu populací savců byla zhodnocena průchodnost těchto bariér pomocí hodnocení funkčnosti migračních objektů podle technických podmínek ministerstva dopravy TP 180.

Příklad výsledku hodnocení je znározněn na obrázcích níže. Hodnocení bylo provedeno pro tři kategorie živočichů 

  • Vnější kruh - průchodnost mostu pro kategorii A (jelen, vlk, medvěd, rys, los)
  • Střední kruh - průchodnost mostu pro kategorii B (srnec, prase)
  • Vnitřní kruh - průchodnost mostu pro kategorii C (liška, zajíc, jezevec, kunovité šelmy)
Čím zelenější barva, tím je most více funkční pro danou kategorii živočicha. Čím červenější, tím je méně funkční (jako na semaforu).

Syntézou výsledků analýz vzorků a rámcových migračních studií bude v následujícím roce možné charakterizovat jednotlivé populace savců a vyhodnocovat dopad migračních bariér na genetickou variabilitu populací studovaných druhů savců. 


Vytvořená strukturovaná databáze byla testována, byly prověřovány uživatelské přístupy a celková stabilita.  V současnosti bylo do databáze GeneDBase vloženo okolo 200 záznamů o praseti divokém, včetně jejich genetických analýz mikrosatelitů. Zároveň databáze obsahuje záznamy např. o koze bezoárové, které byly zpočátku využívány k testování databáze. Provozované domény genedbase.cz a genedbase.eu byly převedeny ze stávajícího poskytovatele hostingových služeb do prostředí univerzity MENDELU. Přístup k databázi se tak dostal na úroveň dostupnosti v rámci metropolitní univerzitní sítě, která je provozována na špičkových technologiích s umístěním na optické síťové páteři Internetu. Databáze byla umístěna na dedikované servery univerzitní správy ICT s vysokým výkonem, zabezpečením a automatizovaným zálohováním. GeneDBase se tak stala stabilnější a výkonnější na úrovni uživatelského přístupu a přístupu k datům vůbec.